De verkiezingen zijn buitengewoon ingewikkeld. Alle Soedanezen kunnen stemmen voor een nationale president, een nationaal parlement, gouverneurs en parlementen van de deelstaten en gemeenteraden. Daarnaast kunnen de inwoners van het autonome Zuid-Soedan een eigen president en parlement kiezen. Om het nog wat ingewikkelder te maken moeten de kiezers nog wat aparte stemmen uitbrengen, onder andere op een vrouwelijke kandidaat in de verschillende parlementsverkiezingen. Reden daarvoor is dat 25 procent van de zetels voor vrouwen is gereserveerd.
Aanvankelijk zouden de verkiezingen tot en met dinsdag duren. In verband met grote logistieke problemen zijn ze twee dagen verlengd.
Verschillende boycots
Verschillende onderdelen van de verkiezingen worden door verschillende partijen geboycot of gemeden, onder verwijzing naar fraude door het bewind van president Bashir of om andere redenen. De NCP heeft geen kandidaat gesteld in de presidentsverkiezingen in het zuiden; en de belangrijkste zuidelijke partij, de ex-rebellen van de Soedanese Volks Bevrijdingsbeweging (SPLM), boycotten de nationale presidentsverkiezingen. Daardoor zijn de zuidelijke leider Salva Kiir en president Bashir verzekerd van verkiezing.